神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。...

天眼星球的暑假又到了，全校最让人头疼的学生天眼神兔不愿补课，溜到地球来度假。悄悄尾随神兔而来的还有天眼星臭名昭著的金狐。金狐一心想成为十二神兽中的一员。但他人品太差，因此屡屡落选。此番天眼神兔落单在外，便认为这是一个千载难逢的机会，要吃掉神兔，吸取它身上的法力，跻身神兽排行榜。天眼神兔胆子很小，偏偏又喜欢惹是生非。每天都要搞点破坏。调皮的神兔一到地球就制造出一大堆麻烦，搅得香凌和她的伙伴们晕头转向...