故事发生在1999年，那个不详的世纪之末。坐落在深山之中，由于不断的发生灵异事件而被称为“超自然学院”的私立学校里，迎来了它年轻强势的新一任校长——神代玛雅（日笠阳子配音）。绝对不相信有超自然力量存在的玛雅，此行便是为了调查父亲里奇的死因而来，这样的她，遇见了一位名叫内田文明（水岛大宙配音）的神秘男子，刚刚登场的内田，便说出了让玛雅吃惊的话语，他居然来自未来的2012年！　　这个形迹可疑的男子的话...

活在自我世界中的乔西，遨游在自己感兴趣的绘画和书籍的海洋中。自幼便一直坐在轮椅上的她，某天在一个危险的斜坡上差点摔倒的时候，得到了大学生恒夫的帮助。专攻海洋生物学的恒夫，为了实现自己能够亲眼看一下只生活在墨西哥的梦幻鱼群的梦想，日夜不停地在进行着兼职打工。　　和乔西相依为命的祖母千津看到这样的恒夫，向他介绍了一份兼职工作。这份工作的内容就是听从乔西的要求，并想办法满足她。然而，固执且不善与他人交流...

夜斗（神谷浩史配音），是个居无定所、打着散工、穿着运动服的落魄神明，既没有神社供奉，连手下的神器也急着跳槽，他却怀着“受万民景仰”的伟大梦想，以五元香油钱为价格，接受各种各样的委托，上至砍妖除魔，下至打扫卫生。就这样，夜斗穿梭于此岸与彼岸，与八百万神明、服侍神明的“神器”、人类以及妖，共同生活在这个光怪陆离的世界中。 　　一天，普通初中女生一岐日和（内田真礼配音）因意外与夜斗结缘，为此落下了一种奇...